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Mail : isabelle.domaizon[at]inrae.fr

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Thématique(s) de recherche

Diversité, structure, fonctionnement des réseaux trophiques microbiens lacustres en réponse aux forçages anthropiques et climatiques
Questions abordées : Etude (i) de la diversité des communautés planctoniques (ii) des interactions et transferts trophiques s'établissant dans les réseaux planctoniques (iii) des facteurs de régulation qui affectent la dynamique, la structure, la diversité et l'activité des micro-organismes planctoniques.

Approches et outils : Approches limnologiques et paléolimnologiques, Approches expérimentales en microcosmes, mésocosmes ; et ADN environnemental et ADN ancien (qPCR, séquençage massif & metabarcoding).

Parcours professionnel

Depuis Janvier 2020 : Directrice de l'Unité UMR CARRTEL

Depuis Janvier 2014 : DR2 INRAE.

De Janv 2016 à Janv 2019 Chef de département adjoint EFPA INRA

De Septembre 2009 à Dec 2003 CR1 INRA.
De Septembre 2000 à Septembre 2009 Maître de Conférences Université de Savoie UMR CARRTEL.
1999-2000 Chercheur contractuel Laboratoire de Biologie comparée des Protistes Université Blaise Pascal (Clermont II).
1996-98 : Attachée Temporaire à L’Enseignement et la Recherche Université Blaise Pascal (Clermont II).
1996-1999 : Doctorat d’Université Biologie des Populations et Ecologie Université Blaise Pascal.

Formation initiale et formation(s) caractéristique(s)

HDR ‘Biodiversité’ - Université de Savoie - mai 2010 : Les réseaux trophiques microbiens planctoniques : diversité, structure, fonctionnement en milieu lacustre
Doctorat d’Université Spécialité : Biologie des Populations et Ecologie - Janvier 1999 Université Blaise Pascal (Clermont II) Laboratoire de Biologie Comparée des Protistes UPRES A CNRS 6023.
Diplôme d’Etudes Approfondies Biologie Option : Protistologie Université Blaise Pascal (Clermont II).

Thèses et Post Doc encadrés (2016-2022)

 - Vasselon Valentin (2017) Barcoding et bioindication : développement du metabarcoding des diatomées pour l'évaluation de la qualité des cours d'eau   Co-encadrement

- Capo Eric (2016) Dynamique temporelle des communautés microbiennes eucaryotes en lien avec les forçages climatiques et anthropiques : Approche paléolimnologique basée sur le séquençage massif d'ADN sédimentaire  

- Hervé Alix (en cours)  Standardisation d’une méthode de suivi de la faune piscicole en écosystèmes lentiques par l’ADN environnemental  Co-encadrement: M Logez (Recover INRAE) & T Dejean (Spygen)

- Lacombe Marc (en cours) Réponses des communautés microbiennes aux changements environnementaux : approche paleomicrobiologique en lacs. Co-encadrement: D Etienne & E Lyautey (USMB Carrtel)

Conférences récentes

Conférence plénière :

(2018) Application of DNA-based methods in paleolimnology: new opportunities for investigating long-term changes in lacustrine biodiversity. IPA-IAL 2018 - Unravelling the past and future of lakes - Stockholm June 18–21

(2019) GDR Génomique environnementale : Génomique environnementale appliquée à la paléolimnologie : reconstitution de biodiversité lacustre - La Rochelle 

(2019) Zagreb European Phycological Congress 2019: Algae in their ecosystems: novel approaches to study algal ecology’

(2021) DNAQUA Congress – Cost DNAquaNet:  Lake sedimentary DNA to reveal long-term changes in aquatic biodiversity and ecosystem functioning 2021

Publications récentes (2020-2022)

- Capo E., Monchamp M-E, Coolen M.J., Domaizon I., Armbrecht L, Bertilsson S. 2022 Environmental paleomicrobiology: using DNA preserved in aquatic sediments to its full potential. Environmental Microbiology. https://doi.org/10.1111/1462-2920.15913 

- Rivera S., Rimet F., Vasselon V., Vautier I., Domaizon I., Bouchez A. 2022.  Fish eDNA metabarcoding from aquatic biofilm samples: Methodological aspects. Molecular Ecology Resources. https://doi.org/10.1111/1755-0998.13568

- Barouillet C., vasselon V., Keck F., Millet L., Etienne D., Galop D., Rius D., Domaizon I. 2021 Changes in Ciliate Communities Reveal Modification of Lake Functioning Over the Last Century. Preprint DOI 10.21203/rs.3.rs-1126972/v1

- Canino A., Bouchez A., Laplace-Treyture C., Domaizon I., Rimet F. 2021. Phytool, a ShinyApp to homogenise taxonomy of freshwater microalgae from DNA barcodes and microscopic observations Metabarcoding and Metagenomics 5: e74096. https://doi.org/10.3897/mbmg.5.74096

- Gautier J., Walsh D., Selbie D.T., Bourgeois A., Griffiths K., Domaizon I., Gregory-Eaves I. 2021 Evaluating the congruence between DNA-based and morphological taxonomic approaches in water and sediment trap samples. Limnology & Oceanography  66(8) 3020:3039. https://doi.org/10.1002/lno.11856

- Capo E. et al.  2021 Lake Sedimentary DNA Research on Past Terrestrial and Aquatic Biodiversity: Overview and Recommendations. Quaternary 4, 6. https://doi.org/10.3390/quat4010006

- Lyautey, E., Billard, E., Tissot, N., Jacquet S., Domaizon I. 2021. Seasonal Dynamics of Abundance, Structure, and Diversity of Methanogens and Methanotrophs in Lake Sediments. Microb Ecol https://doi.org/10.1007/s00248-021-01689-9

- Capo E.,  Nines S, Domaizon I, Bertilsson S. et al 2021. Community Structure in Four Swedish Mountain Lakes over the Holocene. Microorganisms  9(2), 355; https://doi.org/10.3390/microorganisms9020355 

- Keck F., Millet L., Debroas D., Etienne D., Galot D., Rius D., Domaizon* I. 2020 Assessing the response of micro-eukaryotic diversity to the Great Acceleration using sedimentary DNA. Nature Communications 11, 3831. https://doi.org/10.1038/s41467-020-17682-8

- Jenny J.P., Anneville O., Arnaud F., Baulaz Y., Bouffard D.,  Domaizon I.,  et al. 2020 Scientists’ Warning to Humanity: Rapid degradation of the world’s large lakes. Journal of Great Lakes Research. https://doi.org/10.1016/j.jglr.2020.05.006

- Rimet F., Anneville O., Barbet D., Chardon C., Crépin L.,  Domaizon I., et al. 2020  The Observatory on LAkes (OLA) database: Sixty years of environmental data accessible to the public. Journal of Limnology https://doi.org/10.4081/jlimnol.2020.1944