En savoir plus

Tél. : +33 (0)4 50 26 78 60
Mail : agnes.bouchez[at]inrae.fr

Thématiques de recherche

Écologie microbienne et qualité des écosystèmes aquatiques - Biosurveillance environnementale - Approches métagénomiques

Post doc et Thèses encadrées

Sinziana Rivera (2018-2022) Biofilms aquatiques : capteurs de l’ADN environnemental et révélateurs de la biodiversité des milieux aquatiques / PhD Université Savoie Mont- Blanc, co-supervision A. Bouchez - F. Rimet

Teofana Chonova (2015-2019) Pharmaceuticals in freshwater environments and their effect on microbial biofilm communities / PhD University of Innsbrück (Austria), co-supervision A. Bouchez - R. Kurmayer - P. Illmer  

Valentin Vasselon (2014-2017) Metabarcoding et bioindication : vers le biomonitoring moléculaire des diatomées / PhD Université Savoie Mont- Blanc (funding ONEMA), co-supervision A. Bouchez - I. Domaizon

Kalman Tapolczaï (2014-2017) efficiency of alternative bioindicator metrics in tropical and temperate, adaptation of these metrics to next generation sequencing (NGS) data / PhD Université Savoie Mont- Blanc (funding ONEMA), co-supervision A. Bouchez - F. Rimet

François Keck (2013-2016) Évaluation des liens entre phylogénie et traits écologiques, piste d’utilisation pour la bioindication des cours d’eau / PhD Université Savoie Mont- Blanc (funding ONEMA), co-supervision A. Bouchez - A. Franc (INRA – BioGeCo Bordeaux)

Floriane Larras (2010-2013) Évaluation écotoxicologique de l'impact des pesticides sur les communautés microbiennes benthiques en zone côtière lacustre. co-supervision A. Bouchez – B. Montuelle

Lénaïg Kermarrec (2009-2012) Développement d'outils moléculaires pour l'utilisation des diatomées comme bioindicateurs de la qualité des écosystèmes aquatiques lotiques. co-supervision A. Bouchez – J.F. Humbert

Aurélie Villeneuve (2005-2008) : Fonctions et diversité des communautés microbiennes aquatiques soumises à des perturbations anthropiques : liens avec les structures physiques et chimiques du milieu. A. Bouchez – B. Montuelle

Projets de recherche

• Vice-chair du réseau européen COST DNAqua-Net (CA15219) 2016-2021 - www.DNAqua.Net
• Organisatrice de la 1st DNAQUA International Conference, 9-11 mars 2021 - https://symposium.inrae.fr/dnaqua-conference-evian2021 (1500 participants de 80 pays)
• Responsable d'un projet de 6 ans sur la biosurveillance « nouvelle génération » : développement de nouvelles métriques et approches NGS pour la biosurveillance à Mayotte - île tropicale française (2013-2019).
• Co-leader d’ INTERREG SYNAQUA (FR-CH) pour le développement d’approches basées sur l’ADDN pour la biosurveillance du lac Léman (2017-2019) - https://internet6-national-synaqua.hub.inrae.fr/
• Partnaire d’INTERREG Eco-AlpsWater (Alpine Space) pour le développement d’approches ADN pour la biosurveillance des écosystèmes aquatiques alpins (2019-2022) - https://www.alpine-space.eu/project/eco-alpswater/
• Impact des xénobiotiques (pharmaceutiques, pesticides) sur la structure et le fonctionnement des communautés microbiennes aquatiques (ANR-CES: SENDEFO, POTOMAC; MEDLT: ECOMET, IMPALAC; ANSES: PERSIST-ENV, ANTIBIO-TOOLS).

Comités de pilotage

• ADN-O (2020-): Réseau scientifique INRAE pour le développement de méthodes basées sur l'ADN pour la connaissance et la gestion des écosystèmes aquatiques (https://www6.inrae.fr/reseau-adn-o)
• DNAqua-Net (2016-2021): Vice-chair (http://dnaqua.net/)
• ZABR (2015-2020): Long Term Observatory on Rhône basin (http://www.graie.org/zabr/). Responsable du thème scientifique "Flux de polluants et écotoxicologie".

Publications récentes

• Verdier H., Konecny-DUPRE L., Marquette C., Reveron H., Tadier S., Grémillard L., Barthes A., Datry T., Bouchez A., Lefebure T. (2022) Passive sampling of environmental DNA in aquatic environments using 3D-printed hydroxyapatite samplers. Molecular Ecology Resources 00:1–13. https://doi.org/10.1111/1755-0998.13604
• Pawlowski J., Bruce K., K Panksep; FI Aguirre; S Amalfitano; L Apothéloz-Perret-Gentil; T Baussant; A Bouchez; L Carugati; K Cermakova; T Cordier; C Corinaldesi; FO Costa; R Danovaro; A Dell’Anno; S Duarte; U Eisendle; BJD Ferrari; F Frontalini; L Frühe; A Haegerbaeumer; V Kisand; A Krolicka; A Lanzén; F Leese; F Lejzerowicz; E Lyautey; I Maček; M Sagova-Marečková; JK Pearman; X Pochon; T Stoeck; R Vivien; A Weigand; Fazi S. (2022) Environmental DNA metabarcoding for benthic monitoring: A review of sediment sampling and DNA extraction methods. STOTEN 818:151783. https://doi.org/10.1016/j.scitotenv.2021.151783
• Bertrand-Krajewski J.L., Bournique R., Lecomte V., Pernin N., Wiest L., Bazin B., Bouchez B., Brelot E., Cournoyer B., Chonova T., Dagot C., Di Majo P., Gonzalez-Ospina A., Klein A., Labanowski J., Levi Y., Perrodin Y., Rabello-Vargas S., Reuilly L., Roch A., Wahl A. (2022) SIPIBEL observatory: Data on usual pollutants (solids, organic matter, nutrients, ions) and micropollutants (pharmaceuticals, surfactants, metals), biological and ecotoxicity indicators in hospital and urban wastewater, in treated effluent and sludge from wastewater treatment plant, and in surface and groundwater. Data in Brief 40:107726 https://doi.org/10.1016/j.dib.2021.107726
• Rivera S.F., Vasselon V., Mary N., Monnier O., Rimet F., Bouchez A. (2021) Exploring the capacity of aquatic biofilms to act as environmental DNA samplers: Test on macroinvertebrate communities in rivers. STOTEN 763:144208  https://doi.org/10.1016/j.scitotenv.2020.144208
• Tapolczai K., Selmeczy G., Szabó B., B.-Béres V., Keck F., Bouchez A., Rimet F., Padisák J. (2021) The potential of exact sequence variants (ESVs) to interpret and assess the impact of agricultural pressure on stream diatom assemblages revealed by DNA metabarcoding. Ecological Indicators 122:107322  https://doi.org/10.1016/j.ecolind.2020.107322
• Sagova-Mareckova M., Boenigk J ., Bouchez A., Cermakova K., Chonova T., Cordier T., Eisendle U.,  Elersek T., Fazi S., Fleituch T., Frühe L., Gajdosova M., Graupner N., Haegerbaeumer A., Kelly A-M., Kopecky J., Leese F., Nõges P., Orlic S., Panksep K., Pawlowski J., Petrusek A., Piggott J.J., Rusch J.C., Salis R., Schenk J., Simek K., Stovicek A., Strand D.A., Vasquez M.I., Vrålstad T., Zlatkovic S., Zupančič M., Stoeck T. (2021) Expanding ecological assessment by integrating microorganisms into routine freshwater biomonitoring. Water Research 191:116767 https://doi.org/10.1016/j.watres.2020.116767
• Tardy V., Bonnineau C., Bouchez A., Miège C., Masson M., Jeannin P., Pesce S. (2021) An innovative pilot experiment to assess the efficiency of pharmaceutical plant wastewater treatment and the resulting decrease in effluent toxicity to periphytic microbial biofilms. Journal of Hazardous Material 411:125121  https://doi.org/10.1016/j.jhazmat.2021.125121
• PISSARIDOU P., VASSELON., CHRISTOU A., CHONOVA T., LACROIX S., PAPATHEODOULOU A. DRAKOU K., TZIORTZIS I., DÖRFLINGER G., RIMET F., BOUCHEZ A., VASQUEZ M.I. (2021) Deciphering Cyprus’ diatom diversity and the effects of environmental and anthropogenic influences for ecological assessment of rivers using DNA metabarcoding. Chemosphere 272:129814 https://doi.org/10.1016/j.chemosphere.2021.129814
• Rimet F., Aylagas E., Borja A., Bouchez A., Canino A., Chauvin C., Chonova T., Čiampor F.Jr, Costa F.O., Ferrari B.J.D, Gastineau R., Goulon C., Gugger M., Holzman M., Jahn R., Kahlert M.,  Kusber W.H., Laplace-Treyture C., Leese F., Leliaert F., Mann D.G., Marchand F., Méléder V., Pawlowski J., Rasconi S., Rougerie R., Schweizer M., Trobajo R., Vivien R., Weigand A., Witkowski A., Zimmermann J., Ekrem T. (2021) Metadata standards and practical guidelines for specimen and DNA curation when building DNA barcode reference libraries for aquatic life. MBMG 5: e58056. https://doi.org/10.3897/mbmg.5.58056
• Blackman R., Altermatt F., Foulquier A., Lefebure T., Gauthier M., Bouchez A., Stubbington R., Weigand A., Leese F., DatrY, T. (2021) Unlocking our understanding of intermittent rivers and ephemeral streams with genomic tools. Frontiers in Ecology and the Environment 19(10):574–583 https://doi.org/10.1002/fee.2404
• Pissaridou P., Cantonati M., Bouchez A., Tziortzis I., Dörflinger G., Vasquez M.I. (2021) How can integrated morphotaxonomy- and metabarcoding-based diatom assemblage analyses best contribute to the ecological assessment of streams. MBMG 5: e68438 https://doi.org/10.3897/mbmg.5.68438
• Konschak M., Zubrod J.Z., Duque Acosta T.S, Bouchez A., Kroll A., Feckler A., Röder N., Baudy P., Bundschuh M. (2021) Herbicide-induced shifts in the periphyton community composition indirectly affect feeding activity and physiology of the gastropod grazer Physella acuta. Environ. Sci. Technol. 55:14699–14709 https://doi.org/10.1021/acs.est.1c01819
• Rivera S.F., Rimet F., Vasselon V., Vautier M., Domaizon I., Bouchez A. (2021) Fish eDNA metabarcoding from aquatic biofilm samples: methodological aspects. Molecular Ecology Resources 00:1-14 https://doi.org/10.1111/1755-0998.13568  
• CANINO A., BOUCHEZ A., LAPLACE-TREYTURE C., DOMAIZON I., RIMET F. (2021) Phytool, a ShinyApp to homogenise taxonomy of freshwater microalgae from DNA barcodes and microscopic observations. Metabarcoding and Metagenomics 5: 199–205 https://doi.org/10.3897/mbmg.5.74096