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Résumé:

L’analyse pluriannuelle des suivis in situ menés dans les lacs Léman, du Bourget et d’Annecy nous a permis d’étudier la dynamique des particules virales et des autres communautés microbiennes. Ce suivi, de juillet 2002 à décembre 2006 dans les strates supérieures (0-50m) a permis de mettre en évidence

• (i) la forte reproductibilité interannuelle des dynamiques microbiennes
• (ii) l’importance du forçage saisonnier (température) et de la profondeur
• (iii) des abondances et des dynamiques sensiblement différentes entre les lacs mésotrophes et le lac oligotrophe et enfin
• (iv) à une échelle pluriannuelle, la faible part explicative prise par les variables biotiques dans la dynamique des communautés bactériennes.

Une seconde approche (expériences de dilution) a été utilisée afin de quantifier la régulation exercée par les virus et les prédateurs (<10µm) sur la mortalité bactérienne. Cette régulation, indétectable en période hivernale, a atteint plus de 71% dans l’explication de la mortalité des bactéries hétérotrophes, dans le lac Léman. En automne la lyse virale et la prédation ont permis d’expliquer 42 et 18% de la mortalité des bactéries hétérotrophes dans le lac Léman et du Bourget respectivement.Pour les picocyanobactéries, en automne, les virus ont à eux seuls expliqué 9,8% et 7,6% de la mortalité dans les deux lacs mésotrophes, contribuant probablement à la terminaison du bloom annuel des picocyanobactéries. En revanche, dans le lac oligotrophe d’Annecy les virus et les prédateurs n’ont pas semblé jouer un rôle majeur dans le contrôle de l’abondance des communautés bactériennes.

Les résultats obtenus nous ont permis de préciser le rôle régulateur très variable mais, potentiellement très important exercé par les virus dans le contrôle de l’abondance bactérienne. Ce travail a également permis de souligner la nécessité de progresser dans la connaissance des différentes stratégies virales et des facteurs influençant la mise en place de ces stratégies.