En savoir plus

Résumé:

Le pastoralisme dans les prairies subalpines en tête de bassin versant représente un risque potentiel de pollution microbiologique fécale des sols et de l’eau.

L’impact des pratiques pastorales sur la qualité des sols et au-delà sur les aquifères récepteurs mérite d’être étudié dans les contextes où s’élabore une part essentielle des ressources en eaux. L’objectif général de ce travail est d’améliorer les connaissances sur l’écologie et les facteurs de contrôle de la dispersion et du transfert d’Escherichia coli, dans les sols et bassins versants des écosystèmes pastoraux.

Des techniques de microbiologie pasteurienne (dénombrement des populations) et de biologie moléculaire (état physiologique et structure génétique des populations) sont mises en oeuvre pour étudier le devenir des bactéries dans différents niveaux d’organisation du système Bassin Versant : bouses, sols et eau. L’horizon rhizosphérique de surface du sol (0-5 cm) s’est révélé être un réservoir environnemental permanent en E. coli (103 à 104 cellules g-1 de sol sec), quelques soient la saison et la station pastorale considérées, suggérant la naturalisation de populations d’E. coli. Plus en profondeur (5-25 cm), l’abondance d’E. coli est mise en relation avec l’hydrodynamique des sols (sol drainant et ouvert, sol saturé et confiné). La structure génétique des populations d’E. coli répond de façon similaire.

Dans l’eau, les populations d’E. coli détectées ont des similitudes fortes avec celles des bouses déposées sur l’alpage et celles localisées dans les sols drainants connectés aux aquifères.

Enfin, plusieurs marqueurs de l’état physiologique d’E. coli ont été sélectionnés et des outils moléculaires élaborés. L’ensemble de ces résultats est discuté sur le plan de la valeur indicatrice d’E. coli et de son comportement dans les sols de prairies pâturées.

Mots-clés : Escherichia coli, contamination fécale, bassin versant, sol, hydrodynamique, réservoir, adaptation, structure génétique