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Ces travaux de recherche, menés par une approche écosystémique, ont eu pour objectif (i) d’acquérir des données quantitatives concernant divers groupes eucaryotes unicellulaires présents dans la fraction picoplanctonique lacustre, (ii) d’explorer la dynamique spatiale et temporelle de ces groupes picoeucayotes tant en terme d’abondance que de diversité phylogénétique, et ceci a différentes échelles d’observation, et (iii) d’apporter une profondeur d’analyse supplémentaire de la diversité et de la structure des picoeucaryotes par l’utilisation de séquencage massif. Différentes techniques ont été utilisées au cours de ce travail : dénombrement par TSA-FISH, qPCR et pyroséquençage.
La profondeur de lecture obtenue par l’utilisation du séquençage a haut débit révélé une importante diversité (1017 OTUs) 10 à 100 fois supérieure à celle décrite classiquement (clonage-séquencage de l’ADNr 18S). L'utilisation de sondes oligonucleotidiques specifiques, nouvellement élaborées ou issues de la littérature, a permis d’estimer la contribution relative de huit groupes phylogénétiques au sein de la communauté picoeucaryote lacustre ainsi que leurs répartitions spatiales (verticales) et géographiques (au sein de trois lacs se différant par leurs statuts trophiques). Ainsi, la présence dans des proportions significatives d’organismes pigmentés en zone hypolimnique non éclairée nous a conduit à émettre l’hypothèse de l'importance de la mixotrophie au sein de la fraction picoplanctonique. Des variations d’abondances marquées ont été observées non seulement à l’échelle saisonnière (e.g. pics d’abondance estivale pour les Perkinsozoa) mais également à des échelles de temps courtes (quelques jours). D’importants et continuels remaniements sont observés au sein de la communauté picoeucaryote, ils impliquent principalement les 21 OTUs appartenant au “core taxa” (>1% des séquences), et des taxa présentant des abondances intermédiaires (0,01-1% des séquences). A contrario, l’assemblage des taxa rares (<0,01%) composant plus de la moitie de la diversité décrite, s’avère quant a lui relativement stable au cours du temps (période estivale).Cette approche écosystémique a permis de révéler une diversité nouvelle notamment au sein des Perkinsozoa pour lequel les premiers indices d’un rôle parasitaire en milieu lacustre ont été apportés (microalgues potentiellement infectées). Les données acquises au cours de ce travail contribuent à alimenter les débats concernant les patrons de diversité (distributions spatio-temporelles des protistes et des champignons). Ils suggèrent la nécessité de mieux intégrer la notion de diversité fonctionnelle dans ces réflexions, les mécanismes impliqués dans les remaniements de diversité étant a priori différents en fonction des groupes fonctionnels considérés. Notamment, au regard du parasitisme eucaryote (autre que chytridien) pour lequel très peu d’informations sur les éventuelles co-occurrences entre taxa hôtes et ces agent infectieux sont encore connues en milieu d’eau douce.