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Les planctomycetes constituent un phylum bactérien encore très peu connu. Les quelques travaux les concernant révèlent toutefois que ces microorganismes constituent non seulement des modèles biologiques très intéressants pour la compréhension de l’évolution des bactéries, mais qu’ils joueraient également un rôle important dans le processus et le fonctionnement des écosystèmes aquatiques comme le cycle de l’azote et la dégradation de la matière organique. En dépit du caractère ubiquiste des Planctomycetes, leur rôle fonctionnel et les facteurs déterminant leur dynamique en milieu naturel restent à élucider.
Les objectifs à atteindre au cours de ces 3 années de thèse seront donc (i) d’étudier la distribution et les facteurs contrôlant la dynamique des Planctomycetes au sein des écosystèmes lacustres (deux lacs, de statut trophique différent, feront l’objet d’un suivi spatio/temporel de la dynamique de ce groupe bactérien), (ii) de tester les effets de l’apport de nutriments azotés sur leur dynamique et enfin (iii) d’estimer l’implication de ces microorganismes dans le cycle de l’azote.