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Résumé :

La surveillance biologique des écosystèmes aquatiques de surface et notamment des plans d’eau, via la mise en place de réseaux de suivis nationaux est capitale pour : i) améliorer notre connaissance du fonctionnement des écosystèmes, ii) suivre la dynamique temporelle des communautés, notamment faces aux pressions émergentes (changement global, espèces invasives, etc.) et iii) évaluer l’état écologique des masses d’eau en lien avec les plans de gestion de la Directive Cadre sur l’Eau (DCE). L’échantillonnage des communautés piscicoles lacustres est réalisé par des filets maillants selon un protocole européen standardisé et normalisé (CEN 2015). L’avantage de ce protocole est d’obtenir des données qui sont comparables dans le temps et dans l’espace (entre plan d’eau). Néanmoins, il a pour contraintes d’être invasif (extraction des poissons capturés) et d’être couteux en temps, matériel et personnel.
L’ADN environnemental (ADNe) permet d’identifier les espèces présentent dans un milieu à partir de l’amplification et du séquençage (métabarcoding) de l’ADN contenu dans un échantillon environnemental (eau, sol, etc.). Cette méthode, en plein essor, a pour avantages une caractérisation rapide, fiable et non invasive de la biodiversité (Valentini et al 2016 ; Pawlowski et al 2018). Toutefois, des calibrations sont encore nécessaires avant de pourvoir exploiter pleinement ce potentiel pour la bio-surveillance de routine.

Dans ce contexte, les objectifs de cette thèse sont :
– Définir un protocole standard d’échantillonnage d’ADNe pour les milieux aquatiques lentiques, en se basant sur les résultats des études déjà menées en France et à l’international (notamment celles réalisées par l’équipe d’accueil, e.g. Civade et al 2016, Pont et al 2018).
– Comparer l’efficacité du protocole ADNe metabarcoding standardisé avec les méthodes traditionnelles (pêches ; CEN),
– Etudier l’évolution annuelle du signal ADNe, pour identifier la période d’échantillonnage la plus favorable et étudier la capacité de l’ADNe à détecter les différentes phases du cycle de vie de certaines espèces,
– Evaluer les capacités du metabarcoding de l’ADNe à décrire de manière quantitative ou semi-quantitative les communautés piscicoles, grâce notamment à des expérimentations qui seront réalisées en milieux contrôlés