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Quelques éléments de contexte

Pour mieux comprendre et protéger le fonctionnement des écosystèmes aquatiques et les services associés, il faut notamment étudier les réseaux d’interactions trophiques entre espèces qui régulent les flux de nutriments et d’énergie au sein des communautés écologiques (Blois et al. 2013).

La structuration des réseaux trophiques en terme de longueur de chaine et de niveau de connectance détermine le niveau de résilience des communautés aux pressions anthropiques (Colares et al. 2022, Valiente-Banuet et al. 2015), et il est critique d’évaluer l’étendue des niches alimentaires des espèces (i.e. spécialisation/opportunisme).

Décrypter les interactions trophiques et le rôle fonctionnel des espèces au sein des grands lacs périalpins reste un enjeu important bien qu’il existe déjà de nombreuses données issues d’observations directes (plongée, vidéo) ou indirectes (acoustique), d’analyse de contenus stomacaux ou isotopiques permettent d’identifier certaines catégories trophiques.

Pour rendre compte de la complexité des comportements alimentaires et de la diversité des proies utilisées, l’analyse de l’ADN digestif par l’approche de « métabarcoding ADN » (Pompanon et al. 2012, (Casey et al. 2019, Quéméré et al. 2021) apporte aujourd’hui une solution originale et nouvelle.

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