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L'UMR Carrtel propose un sujet de doctorat () et lance un appel à candidature. Le sujet est proposé dans le cadre de l'Ecole Doctorale SISEO (Université Savoie Mont-Blanc).

Spécialité Doctorat : Biodiversité, écologie, environnement

Sujet : Comment mieux intégrer la diversité microbienne pour caractériser l’évolution des pressions locales sur les écosystèmes lacustres"

Résumé : " Les sédiments lacustres sont des archives précieuses car ils enregistrent les conditions environnementales locales et globales et permettent de reconstituer leurs évolutions respectives au cours des derniers millénaires. Ainsi cette archive représente une opportunité majeure pour comprendre, sur des échelles de temps longs, l’évolution des conditions environnementales et leur impact sur les communautés passées pour prédire comment les futurs changements environnementaux affecteront les propriétés des écosystèmes et leur diversité biologique.

Dans les écosystèmes lacustres, comprendre l’impact de ces changements globaux sur les communautés microbiennes est un enjeu majeur des recherches scientifiques, actuelles et à venir, puisque des modifications de la diversité et donc des fonctions associées supportées par ces microorganismes affecteront, théoriquement, la résilience des écosystèmes et de l’ensemble des organismes qu’ils abritent, ainsi que de la capacité de ces milieux à résister aux changements globaux actuels et futurs.
L’analyse de l’ADN subfossile préservé dans les sédiments lacustres représente depuis quelques années l’un des développements les plus prometteurs en paléoécologie, élargissant la palette des données biologiques extraites lors de l’étude de ces archives continentales. Toutefois, ces approches n’ont que trop rarement été déployées afin d’intégrer les microorganismes (micro-eucaryotes, bactéries et archées), qui pourraient constituer de précieux indicateurs des changements globaux et locaux affectant les systèmes lacustres. La reconstruction de la diversité passée de ces communautés microbiennes et de son évolution temporelle reste un défi.
Ce sujet de thèse vise donc à développer une approche intégrative et holistique afin d’appréhender la complexité in natura des communautés microbiennes des trois domaines de la vie au sein des écosystèmes lacustres. Dans ce sujet, la stratégie d’étude simultanée des archées, bactéries et eucaryotes, considérant à la fois les fractions microbiennes présentes et actives, permettra d’étudier les microbiomes et leurs dynamiques sur une large échelle temporelle et d’espace en intégrant des questions clefs d’écologie microbienne et de paléo-génomique centrées sur les communautés aquatiques et terrestres archivées dans le compartiment sédimentaire."